Les procédures environnementales Déplacement d'espèces
En Alsace et en Moselle des espèces végétales, des insectes et des amphibiens seront concernés par des transferts. Des dossiers de déplacements et de transferts d’espèces sont en cours de réalisation pour être présentés pour avis au Conseil National pour la Protection de la Nature (CNPN). Les transferts seront accompagnés d’un suivi écologique. La procédure loi sur l’eau
La seconde phase du projet est découpée en bassins qui correspondent à des unités hydrographiques. Ce découpage a été élaboré globalement pour l’ensemble du projet, en amont de la réalisation de la 1ere phase. La phase 2 comporte quatre bassins hydrauliques : la Nied française, Seille amont, la Sarre et la Zorn. Chacune des unités fait l’objet d’un dossier de demande d’autorisation qui est soumis à enquête publique, c’est le dossier loi sur l’eau. Ce document comporte une étude d’incidence qui analyse les impacts du projet sur le milieu aquatique et propose des mesures de réduction, d’atténuation ou de compensation. La procédure vise à présenter le projet au public et aux différents services de l’Etat amenés à se prononcer et à recueillir les observations des riverains, grâce à une enquête publique. Au terme de l’enquête, le préfet délivre l’arrêté qui autorise la réalisation des aménagements et qui peut préciser certaines prescriptions ou conditions particulières. Toutes les procédures relatives à la 1ere phase du projet sont terminées et les quitus de respect des arrêtés préfectoraux ont été obtenus. Sur la phase 2, les 4 enquêtes se dérouleront sur le 1er semestre 2009. Les arrêtés préfectoraux sont espérés avant fin 2009 pour pouvoir être intégrés dans les marchés de travaux comme des obligations à respecter pour les entreprises. 
Carte des UH Aires de stockage
Pour stocker les matériaux qu’on ne trouve pas dans les déblais et qui doivent faire l’objet d’approvisionnement depuis des carrières, des aires de stockage sont localisées. Ces aires font l’objet de procédures au titre des installations classées pour la protection de l'environnement (ICPE). Elles donneront lieu à déclaration ou à autorisation après enquête, selon leur importance. La procédure se déroulera en 2009. Les études techniques Des reconnaissances géotechniques sur site ont débuté pour finaliser la conception et optimiser le projet. Etudes pour le tunnel de Saverne : La nouvelle version de la sécurité dans les tunnels, qui a été publiée fin 2007, impose des mesures de protection supplémentaires pour l’évacuation des voyageurs en cas d’incendie. Les études techniques et de risque actuellement en cours pour répondre à ces nouvelles prescriptions permettront de déterminer en partie le choix entre une solution bi-tube ou monotube. Les études de déviations des réseaux principaux (RTE, Gaz, Oléoducs, drainages) qui seront présentées en concertation ont débuté au printemps 2008 pour une réalisation de ces travaux courant 2010. Foncier : les procédures de remembrement Le code rural prévoit qu’un aménageur est tenu de participer aux conséquences de son projet sur le parcellaire. Des assistants fonciers, mandatés par Réseau Ferré de France, conduisent les acquisitions des emprises et l’indemnisation de leurs propriétaires et exploitants. Ces indemnisations se déroulent sur la base des protocoles généraux négociés entre Réseau Ferré de France et les organisations agricoles avec l’appui des services fiscaux. Pour mesurer les impacts de la LGV sur les territoires qu’elle traverse, une analyse de l’état initial du site est réalisée dans le cadre d’une étude d’aménagement. Cette procédure permet d’orienter aux mieux les décisions que devront prendre les Commissions Communales d’Aménagement Foncier (CCAF) quant au mode d’aménagement foncier et à son périmètre. Les principaux schémas d’aménagement foncier sont :  Cas 1 - Pas d’aménagement foncier :
L’acquisition du terrain nécessaire à l’emprise du projet se fait directement auprès de chaque propriétaire et les exploitants concernés sont indemnisés.
Cas 2 – Procédure d’aménagement foncier avec exclusion de l’emprise :
Les terrains constituant l’emprise sont acquis par Réseau Ferré de France. La procédure d’aménagement foncier s’effectue de part et d’autre de la ligne, dans la limite du périmètre perturbé défini par les études d'aménagement foncier.
Cas 3 – Procédure d’aménagement foncier avec inclusion d’emprise :
La surface de l’emprise est prélevée sur la totalité des terres comprises dans le périmètre de l’aménagement foncier. L’emprise devient la propriété de l’association foncière qui la cède au maître d’ouvrage de la LGV Est européenne. L’association redistribue les indemnités perçues au prorata des apports de chaque propriétaire et exploitant, y compris ceux qui ne sont pas concernés directement par l’emprise (principe de solidarité).
En direct sur le terrain : En Lorraine, l’enquête parcellaire s’est déroulée du 11 février au 3 mars 2008 et la commission d’enquête a remis son rapport avec avis favorable. Les CCAF ont été constituées et les études d’aménagement foncier sont en cours. A l’issue de celles-ci, les CCAF prendront leur décision sur l’opportunité de réaliser un réaménagement foncier et sur le type de réaménagement. En Alsace, les opérations de remembrement et les acquisitions se poursuivent. Elles ont été engagées plus en amont étant financées au titre de la convention de financement de la 1ère phase. En Alsace, s’agissant des zones houblonnières, la réalisation de la ligne et la décision de réaliser un remembrement avec inclusion d’emprise conduit à retoucher des houblonnières sur 30 ha environ. Les négociations avec les houblonniers et la Chambre d’Agriculture du Bas-Rhin sur la répartition de la prise en charge du coût de cette restructuration ont abouti à la signature d’une convention le 22 juillet 2008. Cette démarché permet de laisser le temps à la profession agrcole de déplacer les houblonnières impactées par le projet.
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